A Comissão Interna de Supervisão da Universidade Federal da Fronteira Sul (CIS/UFFS) foi instituída em conformidade com a Lei nº 11.091/2005 e com as Portarias do MEC nº 2.519/2005 e nº 2.562/2005. Sua criação oficial ocorreu por meio da Portaria nº 043/GR/UFFS/2014, com a eleição de seus membros – representantes da carreira técnico-administrativa em educação – para o primeiro mandato (2014-2017).

No triênio seguinte (2017-2020), os novos representantes foram escolhidos por meio do processo eleitoral regido pelos Editais nº 124/GR/UFFS/2017 e nº 724/GR/UFFS/2017, tendo seus resultados divulgados nos Editais nº 407/GR/UFFS/2017 e nº 855/GR/UFFS/2017.

Em 2020, devido à pandemia de COVID-19, o mandato vigente, com término inicialmente previsto para 2 de maio, foi prorrogado por duas vezes: até 31 de julho, por meio da Portaria nº 392/GR/UFFS/2020, e até 1º de novembro, conforme a Portaria nº 940/GR/UFFS/2020.

A continuidade do processo eleitoral foi assegurada pela Comissão Eleitoral da CIS (CEC), instituída pela Portaria nº 86/GR/UFFS/2020. Com a realização de votação on-line, os novos conselheiros foram oficialmente nomeados pela Portaria nº 1216/GR/UFFS/2020, assumindo o mandato para o período de 2020-2023.