Em alguns casos, mediante autorização dos órgãos competentes da UFFS, a seleção de candidatos para preenchimento das vagas é feita por meio de um processo seletivo especial, isto é, um processo independente do SiSU/Processo Seletivo Simplificado.Enquadram-se aqui os cursos que objetivam atender públicos específicos/convênios aprovados pelo Conselho Universitário (CONSUNI) da UFFS. Em cada caso, a forma e os critérios de seleção são especificados em editais próprios, e estão de acordo com as definições dos programas de acesso ou público-alvo. 

Atualmente a UFFS conta com três cursos com ofertas direcionadas a públicos específicos em andamento. São eles:

1.   Oferta do curso de Educação do Campo: Ciências Sociais e Humanas no Campus Laranjeiras do Sul. 

2.  Oferta do curso de Interdisciplinar em Educação do Campo: Ciências da Natureza, no Campus  Erechim. 

3. Convênio UFFS, Instituto Educar de Pontão/RS e Instituto Nacional de Colonização e reforma Agrária - INCRA/PRONERA. Oferta do Curso de Agronomia no Campus Erechim.

A realização de Processo Seletivo Especial é realizada também quando o curso regular teve oferta aprovada pelo CONSUNI e não houve tempo hábil para incluí-la no Processo Seletivo Regular via SiSU. Nestes casos as vagas são destinadas ao público geral. A situação é pontual e, assim que for viável, o curso é ofertado via SiSU/Processo Seletivo Simplificado.